たしか、上位免許を取得した場合は下位免許(普通一種AT限定)は限定解除となると記憶しております。AT限定でも通常の普通二種を受験できると記憶しております。
まさらさんの場合3年以上の運転経験がないので現時点では受験資格はありません。今度の道交法改正により「路上試験」もあると思います。未確認情報ですが・・・取得時に新たに講習があるかもしれません。
免許受験については都道府県によって異なる点は数多くあります。