昔は女性はAT・男性はMTという流れがあったようですが、現在では男性のATもだいぶ多いですよ。現在普及している乗用車の9割以上はAT車なので、普通に乗用車を運転するだけならAT限定免許で不自由することはないと思います。
女性でMTを取得する方の多くは、自宅の車がMT車しかない(軽トラなど)とか、旧車(昔のクラシックカー)に乗りたいとか具体的な理由がある方が多いです。
ただし、就職等で営業車がMTなのでMTの免許を取ってくれって要請がある場合もあるみたいです。
現在大学1年生ならば、必要が出てきた場合にCandyさんの言うとおりに「限定解除」でAT⇒MTに切り替えればいいと思いますよ。
料金や時限数などを考慮して検討してくださいね。
ちなみに、MTで入校して難しかったらATに途中から切り替えるって事も可能ですが、料金等が絡んできますので・・・一度自動車学校に連絡してみて検討することをお勧めします。