ギアチェンジは皆さん苦労されるところですね。路上ですと、
えーと、えーと、…というわけにはいきませんものね。

先ず最初におさらいしましょう。
・ギアとは
低速ギアほどエンジンブレーキがかかりやすいが力が強い。
・ギアチェンジの原則は
アクセルは離す、クラッチは踏み込む（繋ぐ）でしたね。

加速チェンジについては、
「加速」ですから先ず速度を上げます。アクセルを踏んでいきますね。
ギアが低速ですと、エンジンに負荷がかかりますから、そこでギアを
入れ換えるのですが、そのためにアクセルペダルをはずします。
この時、２、３速の低速ギアですと、アクセルを離すタイミングが
おそいと、エンジンブレーキがかかり、車ががっくん、となります。
エンスト起こして止まっちゃうわけではないのでしょう？
…であれば、たぶんおっしゃっているのは上記によるものだと思います。

減速ギアのときはそのようなことはないですか？
エンジンブレーキのかかりにくいギアからシフトダウンしていくわけ
ですから、あまりがっくんすることはないと思います。
ただ、停止するためにどんどん速度を落として行くと、
ギアの力比によって車がカタカタしてきますから、その時には
クラッチを踏み（はずして）、ブレーキを徐々に踏んで止まります。

加速ギアのタイミングとしては、アクセルをはずすのとクラッチを踏む
のと同時くらいにしてやってみてください。

もしあまり効果がないようでしたら、担当教官の方にも確認してみて
くださいね。

ですから、回転数を合わせてクラッチをつなぎましょう。そのためには、
加速チェンジの方法
１．アクセルを踏込む
２．クラッチを切って、アクセルを踏むのを止める
３．チェンジする
４．クラッチを繋いで、アクセルを踏む
の１．をきちんとやってみてください。
回転数がいったん上がれば、２．から４．までの間に、適当な分エンジン回転数
が落ちて、次のギアとスピードに見合った回転数となるのですが、
１．が不足していると、速度に見合った回転数より回転数が低いので
エンジンブレーキがかかってしまいます。
２．から４．まで時間がかかっていると、回転数が落ちてしまって
これもまたエンジンブレーキがかかってしまいます。