運転適正検査の種類も多岐に渡っておりますが、趣旨は同じです。鉄道会社の入社試験で用いられる運転士の適正の有無を調べる検査や、企業の採用時に応募者の性格や適正を見極める為の検査と意味合いが異なります。こちらの検査は、採用側の設けた基準に達していなければ排除する、という前提で実施されるものです。
教習所やトラック協会などで実施する運転適性検査は、ご自身の性格や判断力などを検査結果から見出して、被験者(教習生・ドライバー)が運転する際に役立てて貰おうといった意図があります。結果が良くない場合でも、運転免許取得に差し障りが生じる事はありません。
指導員側も、教習生の検査結果を参考として教習を進める様になっておりますが、結果を短所として過剰に指摘し過ぎた結果、教習生とトラブルになる事例も報告されている様です。
2度も3度も受けさせようとする理由が定かではありませんが、疑念を抱かれるのであれば、事務職員または管理職の立場にある職員(所長、課長)に直接理由を聞いてみるのが宜しいかと存じます。
回答を濁したり、説明に納得が行かなければ、教習所を監督する立場の運転免許試験場(警察本部交通部教習所課など)へ相談する事も可能ですが、これはあくまでも最後の手段として下さい。