まず、ご自身で何処が理解出来ていないのかを知る必要があります。
それには、ネットや書籍の練習問題を多く解いてみると良いでしょう。
間違えた箇所は何処なのか？ここは理解していなかったのか？など、分析をしてみて下さい。そこから覚えて行く、その繰り返しです。

教本や参考書はありますか？試験場で免許更新時に配られる「交通の教則」も立派な教科書です（安全運転の知識や旅客運転者の項目も載っています）指定校卒の方ですので、おそらく手元にあるとは思いますが・・・

覚えている問題もありますが、私が知りたいのは、

こちらの相談室でも以前相談されて方がいますが、
「踏切りでの横断方法」ですが、教本では「目と耳で確認する」としか書いてありません。遮断機の音を聞くだけとか電車の音も聞くものだとか書いていませんよね。（常識と言われればそれまでですが・・・。）
私が答えがわからない問題とは、教本等で確認出来なかった問題です。

このような問題の解き方等で何か参考になるものはないでしょうか？

さて、目と耳で「何を」確認するのでしょう？
そう考えると如何でしょうか？列車もしくは電車が接近しているか否かを目（視覚）と耳（聴覚）で確認する必要が生じるという事です。

鉄道に関して、最近の報道を見る限りでは、故障や停電などちょっとした事でも不通になってしまいます。要するに、踏切の警報機は必ずしも正常に作動しているとは限らないのです。

警報機のない踏切ではどうされますか？目と耳で列車の接近を確認しなければいけません。確認を怠って渡った場合、そこに列車が来ていたら大事故に至ります。

こうして1つ1つ組み立てて考えて行けば自ずと答えが導き出せる筈です。

2種の学科試験には、ある程度考えを巡らさないと（応用力）解けない問題が存在する様ですね。教本に載っている項目は基本的な知識としてあくまでも土台、それを正しく完全に理解していなければ応用は出来ないと存じます。

おっしゃる通り、考え方の組み立てが必要かと思います。
一回の試験につき、この様な問題が３〜５問ぐらい出題されているような気がします。
したがって、それ以外で確実に点数が取れれば合格出来るとは思っているのですが・・・。（愚痴ですが）どうも、このような問題が納得行かず少々頭に来ています。「教本から、出題してくれよ！」と・・・。

とりあえず、こちらのサイトの効果測定等、教本にてもう一度勉強してみます。

振り返ってみれば、確かに教本には載っていない内容の問題が数問ありましたね。前記した通り、基本を土台に考えて答えを出しました。

記憶が定かではありませんが、92点？で合格でした。何処を間違えたのかは教えて貰えませんので推測の範囲ですが、やはり旅客運転者の項目から出題された応用問題で間違えたのかな？と・・・