「交差点の向こう側が渋滞していた場合、青信号でも交差点に入ってはいけない」「横断歩道・自転車横断帯の上で動きがとれなくなってしまう恐れがある場合、入ってはいけない」と、あります。

この場合は、横断歩道の直前で停止して、待たなければなりません。歩行者用信号が青になれば歩行者の皆さんは渡って来ます。クルマの進む方向の信号が赤で、そのクルマが横断歩道上で停まっていたら邪魔になります。あなたも歩行者の側でいらした際に経験ありませんか？クルマが横断歩道の上に停まっていて「邪魔だ」と思った事が・・・

＞横断歩道の上に停止して待っていても良いんでしたっけ？
横断歩道の上で停止したらどうなるか？横断歩道の上で停止しなかったらどうなるか？
よく考えて下さい。yusukeさんがおっしゃる通りで「邪魔」以外何も残りません。

迷う前に「次に何が起こるかを予測」するようにして下さい。
また、○○したらどうなるか？○○しなければどうなるか？を常に考えて下さい。

あなたが記した事象は、交差点の中で右折待ちをしていて進むべき方向が赤になったが、対面している歩行者用信号は、まだ赤だったので行きなさいという状況だと存じます。

右折待ちの際に横断歩道の上で停止していて、赤信号になってそのまま動けなくなる可能性があるのなら、横断歩道の直前（停止線があればその手前）で停止するのが賢明です。