こういう場合どーすればいいのですか？

【1】 RE:停止線について   回答者： やまぞう さん
　　　2010年1月5日(火) 21時16分

状況がハッキリしないので、何とも回答ができませんが、「停止線を越えていたから・・・」という判断基準は間違えです。

「停止しようとするとかえって危ない状況」になるかならないかです。
例えば、がんばって停止してもタイヤが煙を上げるほどの急ブレーキになってしまうようであれば、後続車がいれば確実に追突事故になります。

または、交差点より停止線が後方にあり、突っ込んでしまうことの方が危険ということもあります。

教官と運転者の感覚が違う場合もあるのですが、やはり事故につながる可能性が高いのでブレーキを踏まれたのだと思います。
質問して、納得していただくことが重要だと思います。

もし停止線を越えて止まってしまった時の措置を教えてください。

【3】 RE:停止線について   回答者： しま さん
　　　2010年1月6日(水) 0時3分

停止線を越えてから黄色信号になったら、基本は通過です。
渋滞などでノロノロ運転になっていて広い交差点を渡りきれないときは、停止するほうがよいときもあります。
通常の速度から停止しようとすれば極端に急ブレーキになりますから、指導員が補助ブレーキを踏むとは考えにくいです。
へたれさんの事例で、指導員の補助ブレーキが極端な急ブレーキでなければ、黄色信号になった時機の認知に間違いがあるかもしれません。