期限内に卒業できない場合は１段階からやり直しになります。
教習所に相談してみてください。夏休みのシーズンなので忙しくて二輪にまで手が回らないのかもしれません。
補習を受けまくって上達すれば卒研も合格できると思います。
もし、教習所で補習を受けられないのなら非公認の練習所などで時間単位で練習させてもらえるところを探してみてください。
外部で練習→卒研という形なら時間も短縮できて期限に間に合うかもしれません。