えーっと、とりあえず、わかるところだけ。
原動機付自転車も、初心運転期間というのは定められています。
また、初心運転期間内であろうが、そうでなかろうが、違反をした際の点数は同じです（制限が厳しくなる、というだけですね）。

ただし、普通免許を取得した状態で、原動機付自転車に乗り、そこで違反をしても初心者特例（再試験とか）の対象とはなりません。
これは、初心運転特例の対象が、「当該免許のみ」と定められているからです（道路交通法第百条の二）。
また、初心者特例の対象として「当該免許を受けた日以後に上位免許を受けた者は除かれる」（同）ということも理由となるかな、とは個人的には思ってます。

ただし、これは初心者特例に限った話です。当たり前ですが、普通免許を持っている状態でも原動機付自転車で何度も違反をすればそれなりの罰則が発生するのは当然です。