質問の内容がいまいち不明なので…
ご自身は教習所を卒業されて「卒業証明書」と「技能審査合格証明書」の
両方をお持ちなんでしょうか？

卒業証明書の有効期限は１年です。技能審査合格証明書の有効期限は３ヶ月です。

良く分からんのは卒業と同時に審査にて限定解除？？という点です。
いずれにせよ有効期限が切れた証書は「ただの紙切れ」でしょう。

＞この場合はどうしたらよいのかを聞きたかったのです。
卒業した教習所、ご自身所轄の警察署or自動車試験場へ問い合わせるのが一番早いです。
それにしても管理がずさんですね。