＞卒業検定が受かったら最後の学科試験は仮免の有効期限が切れていてもいいのですか？
公認の学校（教習所）であれば実技試験は免除なので試験場の学科試験のみです。
最後の学科試験とは、試験場で受験する学科試験のことでしょうか？
試験場の学科試験であれば「仮免許証の有効期限」は関係ありません。
卒業時に受け取る「卒業証明書」の有効期限が対象です。