相談に対する回答にはならないかもしれませんが・・・
同じように考えている方もいらっしゃるんだなあと思い、レスしました。

私も、転職を考えていますが、つかつかさんの言うように、ＡＴ限定不可のところも、少なくないです。ただ、私は、免許を取得してもうすぐ１ヶ月になりますが、ＡＴの車を、運転するのにも、まだ苦労しているので、もう少し慣れてから、限定解除をするつもりでいます。

美月さんと同じ回答になりますが、まず、ＡＴ車を、乗りこなしてみてはいかがでしょう？

ご自身でどうしても限定解除したいとか、ＭＴ車に乗ってみたいと考えているのであれば、不器用だの言ってないで挑戦すればいいことですし、不安だといっている暇があったら限定解除に向けて何かしらの行動を起こすべきだと思いますよ。
ＡＴと基本的な部分は同じで、それにギア操作が加わるだけです。
もちろん今は余裕がないでしょうから、ＡＴ限定でも免許を取得したあとに、ですけど。
実車に乗る以外に運転操作について、何かできることと言えばイメージトレーニングくらいしかありません。
不器用で覚えが悪いとご自身で考えておられるのであれば、その分だけ人の２倍も３倍も努力して物にするしかありません。
私も自動車免許を取る際には、コース図とにらめっこして色々書き込んでイメトレし、試験場で受けるときには実際にコースを何回も歩いて回ったりしました。