信号が黄色に変わった位置にもよりますが、停止線をわずかに越えたくらいで止まれるのなら止まった方がいいでしょう。
そして停止線を越えて止まってしまった後のあなたの取った行動は適切です。
ですから減点なしだったのです。どういうことかというと、停止線をわずかに越えて止まった場合、何もしないと確か10点減点になると思いましたが(ちゃんと停止線手前で止まれるのに停止線を越えた場合は危険行為として試験中止の対象です)、止まってしまった後に後方を確認して安全なら後退して停止線まで下がる、もし後ろに車がいて下がれないなら後方の確認だけしてその場に留まれば減点はされないのです。
これでもし行っていたら検定員のいわれるとおり、合格が思い切り遠のくくらいの大減点です。
もちろん、横断歩道にかかるくらい進んでいたなら、速やかに交差点を抜けなければなりませんがね。
この判断は非常に難しいのですが、難しいからこそイメージトレーニングをして「この速度だったらここまでは黄色になっても安全に止まれる、ここを超えたら安全に止まれないから黄色になっても行っちゃう」というのを考えながら運転すると良いかもしれません。
しかし、基本は止まることですから、「信号が変わりそうでイヤだな」と思ったらブレーキの上に足をのせておき、すぐに止まれる準備をしておくと良いでしょうね。