過ぎた事を悔やんでも仕方がありません。次回から繰り返さないようにするだけです。
ジレンマゾーンに関しては、「行くor止まる」をハッキリ決めて行動すべきだと私は思います。
後続車からパッシングされようとも、ご自身が正しいと判断したのですから･･･
他の人がどうあれ、ご自身の判断がすべてなのです。他の人がこうしているから「私もこうした。そして事故が起きた」では無責任な話ですよね。

優良運転者は軽微な違反、もっと具体的に言うと１〜３点の違反がこれに該当しますが、通常１年無事故無違反で過ごさないと点数が戻らないのですが、優良運転者は３ヶ月間無事故無違反で過ごせば違反をしたという記録は残りますが、点数は加算されなくなる（いわゆる点数が戻る）のです。
もちろん、その３ヶ月の間に何らかの点数が付される違反をした場合には最初の違反＋その違反点数となりますし、点数が戻るには１年間無事故無違反となります。

今回の場合、違反した車両が普通車でしょうから、信号無視は点数が２点で反則金が９０００円です。
ですからその警察官が言ったのは切符処理された時点で違反点数２点となりますが、反則金９０００円を納め、向こう３ヶ月間無事故無違反であれば点数が戻るということを説明したのだと思います。
なので違反をして点数が減らないと言うことはありませんよ（点数の付されない違反なら別ですが）
しつこいようですが、減点になっても３ヶ月間無事故無違反ならば戻るという話です。

それと参考ですが、一般に「反則金」のことを「罰金」と言う人がいますが、反則金と罰金では大きな違いがあります。
ここでは詳しく書きませんが、いわゆる青切符（正確には交通反則切符）で処理されるものは反則金になりますので混同しないようにしてくださいね。

ジレンマゾーン、教習所ではどのように習いましたか？
それを実行すればよいのです。
クラクションを鳴らされようとも関係ありません。
逆にその車こそが警音器使用制限違反となるのですから。
それにそんなものを気にして自分が違反し検挙されるのと、クラクションを鳴らされるの、どちらがいいですか？
強引に行こうとすれば「事故を招くおそれ」のおまけ付きですよ。