点数についてですが、上級免許を取れば消えるとかそういうことはありませんよ。
原付でも普通車でも違反をしたらその人、個人に点数が付されるのですから。
言いかえればののんじさんがいろいろな車両で違反をしてもすべて合算されます。
よく「原付で６点、普通車も６点ずつ持ち点がある」と勘違いされている方がいらっしゃるようですが、そういうこともありません。

ののんじさんはいままで免停などの処分は受けたことはないですよね？
であれば処分の基準点数に達していない点数（処分歴のない方は５点まで）については、その後１年以上の間（ただし運転可能な期間）に違反や事故がなく経過したときは、その後の点数が入っても合算されません。
「違反をした」という事実は残りますが、それまでの点数は加算されない、いわゆる「点数が戻る（実際には計算されない点数になる）」ということになると思います。