最終的にはご自分の意思次第なのですが、MTで取得したい希望がおありでしたら、
先ずはMTで兆戦されては如何でしょう？それでどうしてもうまくいかなければ
途中でATに変更は可能です。MTで履修された項目もそのまま生きますから、後
で限定解除を考えれば済みますね。MTですんなり進行するかもしれませんし、
必ずしもATで受講されてｽﾑｰｽﾞに進行するとも限りませんから。
（やってみなければわからないということですね）

料金的には限定解除よりも最初からMTの方が断然お得です★
教習所は夏休みに入ると学生さんで賑わい出しますが、今から入所すれば時間的には3ヶ月あれば十分ではないかと思います。
最短時限数の話をすると、ATとMTの時限数の差は一段階でATなら12時限、MTなら15時限です。（学科は同じです）
もしとおるさんが自動二輪、もしくは大型自動二輪をお持ちならATで一段階が10時限、MTで13時限になります。
※二段階は免許なしでも二輪もちでも19時限です★
・・・とまぁ、時限数の差は殆どありませんので、技能習得に苦しむ様ならATの方が早いですが、MTで途中に変更でも全く問題はないかと思います。
ただ、MT→ATに変更した時差額の料金が返ってくるかどうかはちょっとわからないです。。勉強不足でごめんなさいm(__)mまた受付のお姉さんに聞いてみますね★

最終的にはMTで、ということですので、他の方と同じく最初からMT教習を受けることをお勧めしますが、別のスレッドにもありますように、MT車というのはいずれ一部の商用車とスポーツカーだけになっていくだろうという現実もあります。それに時間的なことを考えるととりあえずATで、という選択も間違いでないとは思います。