教習期限は12月まででしょ？それがせめてもの救いかしらね。
仮免許失効したら、修了検定受け直してまたやり直せば済むこと。
その場合、技能教習は第二段階の続きからやからね。不安なら、事務所に居てる副管理者に聞いてみることやね。http://www.unten-menkyo.info/karimenkigen/karimenkigen.html
もし仮免許が失効してしもたら、教習所の事務スタッフか管理職と相談して今後のことを考えてみてね。

状況が、私の思っている状況と仮定しての回答です。

仮免許が切れても教習期限が12月までなら、仮免許が切れても再度修了検定を受けなおし仮免許を取得すれば、その後の教習の継続も可能です。
第二段階の教習が終わり、検定期限に入っていても再度修了検定を受験可能です。この場合それ以前の教習もすべて有効です。
県によって取り扱いが違うかもしれませんが、運営準則に精通した副管理者に相談してみてください。
但し、あなたが仮免許を持って第二段階から入所した方の場合は、この特例を受けることはできません。